پس از قتل عبد اللطيف در سمرقند بر تخت نشسته بود ، جنگيد ولى شكست خورد . از اين‌رو يسّى را گرفت . بعد عازم شاهرخيه شد . در اين بين به اشارهء يكى از اميران خود از ابو الخير خان ازبك يارى خواست . ابو الخير خان هم كه هميشه خيال فتح ماوراء النهر را در سر داشت ، به يارى ابو سعيد رفت و طى نبردى كه ميان آنان با ميرزا عبد الله در كنار آب كوهك درگرفت ، ميرزا عبد الله به قتل رسيد و ابو سعيد به سمرقند رفت و وارد شهر شد و عاقبت در 855 ه ق در سمرقند بر تخت سلطنت جلوس كرد . سپس بلخ را گرفت . آنگاه با ابو القاسم بابر نوهء شاهرخ و حاكم هرات و خراسان درگير جنگ شد ولى عاقبت با او صلح كرد . با مرگ ابو القاسم بابر در 25 ربيع الثانى 861 ه ق ، ابو سعيد به هرات لشكر كشيد و آن ناحيه را گرفت و در باغ زاغان هرات بر تخت نشست . از آن پس با محمد جوكى پسر ميرزا عبد اللطيف كه در ماوراء النهر سر به طغيان برداشته بود و با بايقرا و جهانشاه قراقوينلو بر سر هرات نبردهايى انجام داد . ولى بعد روابطش با جهانشاه قراقوينلو حسنه شد . ابو سعيد با شنيدن خبر قتل جهانشاه و روى كار آمدن اوزون حسن به آذربايجان لشكر كشيد و عاقبت در 16 رجب 873 ه ق . به اسارت نيروهاى اوزون حسن درآمد و او ابو سعيد را به يادگار محمد نوهء شاهرخ سپرد و وى نيز به انتقام خون مادربزرگش گوهرشاد آغا او را در 22 رجب 873 ه ق . به قتل رساند . ابو سعيد به خواجه عبيد الله احرار سر سلسلهء طريقت خواجگان و نقشبنديان ارادت مىورزيد . همچنين به امر زراعت اهتمام داشت . براى اطلاعات بيشتر نك : مهمان‌نامه بخارا ، ص 145 ؛ حبيب السير ، ج 4 ، صص 33 ، 44 ، 48 - 50 به بعد ؛ احسن التواريخ ، صص 23 ، 77 ، 87 به بعد ؛ مطلع سعدين ، صص 10 ، 11 ، 24 به بعد ؛ همچنين بنگريد به دايرة المعارف بزرگ اسلامى ، ج 5 ، صص 549 - 556 .